Zu einer Nachzahlung kann es insbesondere kommen, wenn mehrere lohnsteuerpflichtige Bezüge gleichzeitig bezogen wurden und bei der Lohnverrechnung keine gemeinsame Versteuerung erfolgt ist. Dann berechnet jede bezugs- oder pensionsauszahlende Stelle die Lohnsteuer nur für die von ihr ausbezahlten Bezüge oder Pensionen. Insgesamt ergibt sich dadurch eine zu geringe Lohnsteuer.

Bei der Arbeitnehmerveranlagung werden diese Bezüge so besteuert, als hätte die/der Steuerpflichtige den Gesamtbetrag in Form eines Bezugs erhalten. Sie/er wird also jemandem gleichgestellt, der nur ein Dienstverhältnis hat, aber ebensoviel Gehalt oder Pension bezieht, wie ihr/ihm aus mehreren Bezügen zugeflossen ist. In solchen Fällen sind regelmäßig Vorauszahlungen zu leisten, die mit der Steuernachforderung gegengerechnet werden und sie verringern oder dazu führen, dass es zu keiner Nachzahlung kommt.